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UniProtKB/Swiss-Prot O15305 (PMM2_HUMAN)
Last modified
November 3, 2009.
Version 105.
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90%,
50% identity |
Documents (7) |
Third-party data |
Customize display | text xml rdf/xml gff fasta |
Names and origin
| Protein names | Recommended name: Phosphomannomutase 2 Short name=PMM 2 EC=5.4.2.8 | ||
| Gene names |
| ||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Complete proteome] | ||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 246 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is not processed. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Involved in the synthesis of the GDP-mannose and dolichol-phosphate-mannose required for a number of critical mannosyl transfer reactions By similarity. |
| Catalytic activity | Alpha-D-mannose 1-phosphate = D-mannose 6-phosphate. |
| Pathway | |
| Subcellular location | |
| Involvement in disease | Defects in PMM2 are the cause of congenital disorder of glycosylation type 1A (CDG1A) [MIM:212065]; also known as carbohydrate-deficient glycoprotein syndrome type Ia (CDGS1A) or Jaeken syndrome. Congenital disorders of glycosylation are metabolic deficiencies in glycoprotein biosynthesis that usually cause severe mental and psychomotor retardation. They are characterized by under-glycosylated serum glycoproteins. CDG1A is an autosomal recessive disorder characterized by a severe encephalopathy with axial hypotonia, abnormal eye movement, and pronounced psychomotor retardation, as well as peripheral neuropathy, cerebellar hypoplasia, and retinitis pigmentosa. Patients show a peculiar distribution of subcutaneous fat, nipple retraction, and hypogonadism. Ref.1 Ref.11 Ref.12 Ref.13 Ref.14 Ref.15 Ref.16 Ref.17 Ref.18 Ref.19 Ref.20 Ref.21 Ref.22 |
| Sequence similarities | Belongs to the eukaryotic PMM family. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Cellular component | Cytoplasm |
| Coding sequence diversity | Polymorphism |
| Disease | Congenital disorder of glycosylation Disease mutation |
| Molecular function | Isomerase |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | GDP-mannose biosynthetic process Ref.1 Traceable author statement. Source: ProtInc protein amino acid glycosylation Ref.1Traceable author statement. Source: ProtInc |
| Cellular component | cytoplasm Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-SubCell |
| Molecular function | phosphomannomutase activity Ref.1 Traceable author statement. Source: ProtInc |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 246 | 246 | Phosphomannomutase 2 | PRO_0000199694 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 9 | 1 | C → Y in CDG1A. Ref.16 Ref.17 Ref.21 | VAR_022469 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 11 | 1 | F → C in CDG1A. Ref.16 Ref.17 | VAR_022470 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 15 | 1 | G → E in CDG1A. Ref.20 | VAR_022471 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 20 | 1 | P → S in CDG1A; reduction of activity. Ref.21 | VAR_022472 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 32 | 1 | L → R in CDG1A. Ref.16 Ref.21 | VAR_022473 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 37 | 1 | Q → H in CDG1A; partial loss of activity. Ref.21 | VAR_022474 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 37 | 1 | Q → L: dbSNP rs2304472. | VAR_022133 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 42 | 1 | G → R | VAR_022475 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 44 | 1 | V → A in CDG1A. Ref.16 Ref.22 | VAR_006093 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 44 | 1 | V → L in CDG1A. Ref.21 | VAR_022563 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 64 | 1 | Y → C in CDG1A. Ref.20 | VAR_022476 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 65 | 1 | D → Y in CDG1A. Ref.16 Ref.21 | VAR_006094 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 67 | 1 | V → M in CDG1A. Ref.16 Ref.17 | VAR_022477 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 69 | 1 | P → S in CDG1A. Ref.16 Ref.21 | VAR_022478 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 76 | 1 | Y → C in CDG1A. Ref.16 | VAR_022479 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 93 | 1 | E → A in CDG1A. Ref.20 | VAR_022480 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 101 | 1 | N → K in CDG1A. Ref.16 | VAR_006095 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 103 | 1 | C → F in CDG1A. Ref.16 Ref.21 | VAR_022481 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 104 | 1 | L → V in CDG1A. Ref.19 | VAR_012344 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 106 | 1 | Y → C in CDG1A. Ref.16 | VAR_006096 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 108 | 1 | A → V in CDG1A. Ref.16 Ref.21 | VAR_006097 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 113 | 1 | P → L in CDG1A. Ref.16 Ref.17 Ref.21 | VAR_006098 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 117 | 1 | G → R in CDG1A; loss of activity. Ref.12 Ref.14 Ref.16 Ref.17 | VAR_006099 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 119 | 1 | F → L in CDG1A; partial loss of activity. Ref.14 Ref.16 Ref.17 Ref.18 Ref.21 | VAR_006100 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 120 | 1 | I → T in CDG1A. Ref.16 | VAR_022482 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 123 | 1 | R → Q in CDG1A. Ref.16 Ref.17 Ref.21 | VAR_006101 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 129 | 1 | V → M in CDG1A. Ref.16 Ref.17 Ref.21 | VAR_006102 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 131 | 1 | P → A in CDG1A. Ref.16 Ref.21 | VAR_006103 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 132 | 1 | I → F in CDG1A; slightly reduced activity. Ref.21 | VAR_022483 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 132 | 1 | I → N in CDG1A. Ref.16 Ref.18 | VAR_022484 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 132 | 1 | I → T in CDG1A. Ref.16 Ref.21 | VAR_006104 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 139 | 1 | E → K in CDG1A; this mutation seems to disrupt a splicing enhancer sequence and thus results in most cases in a protein with exon 5 skipped; slightly reduced activity. Ref.15 Ref.16 Ref.21 | VAR_009232 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 141 | 1 | R → C in CDG1A; loss of activity. Ref.21 | VAR_022485 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 141 | 1 | R → H in CDG1A; frequent mutation; loss of activity; observed in heterozygous patients; homozygosis of this mutation is incompatible with life. Ref.14 Ref.15 Ref.16 Ref.17 Ref.18 Ref.21 | VAR_006105 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 144 | 1 | F → L in CDG1A. Ref.13 | VAR_022486 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 148 | 1 | D → N in CDG1A. Ref.16 Ref.18 | VAR_022487 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 151 | 1 | E → G in CDG1A. Ref.16 | VAR_022488 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 153 | 1 | I → T in CDG1A. Ref.16 Ref.21 | VAR_022489 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 157 | 1 | F → S in CDG1A. Ref.16 Ref.21 | VAR_022490 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 162 | 1 | R → W in CDG1A. Ref.16 Ref.21 | VAR_006106 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 172 | 1 | F → V in CDG1A. Ref.16 Ref.17 | VAR_022491 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 175 | 1 | G → R in CDG1A. Ref.16 Ref.17 | VAR_006107 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 176 | 1 | G → V in CDG1A; loss of activity. Ref.21 | VAR_022492 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 177 | 1 | Q → H in CDG1A; partial loss of activity. Ref.21 | VAR_022493 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 183 | 1 | F → S in CDG1A. Ref.16 Ref.17 Ref.18 | VAR_022494 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 185 | 1 | D → G in CDG1A. Ref.16 Ref.17 | VAR_022495 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 188 | 1 | D → G in CDG1A; severe. Ref.16 | VAR_006108 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 192 | 1 | C → G in CDG1A; normal activity but lower affinity for alpha-D-mannose 1-phosphate. Ref.14 Ref.16 Ref.17 | VAR_022496 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 195 | 1 | H → R in CDG1A. Ref.16 | VAR_022497 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 197 | 1 | E → A in CDG1A. dbSNP rs34258285. Ref.16 Ref.21 | VAR_022498 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 206 | 1 | F → S in CDG1A. Ref.16 | VAR_022499 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 208 | 1 | G → A in CDG1A. Ref.16 Ref.18 | VAR_006109 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 212 | 1 | M → V: dbSNP rs3743808. | VAR_022134 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 214 | 1 | G → S in CDG1A. Ref.20 Ref.21 | VAR_022500 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 216 | 1 | N → I in CDG1A. Ref.16 | VAR_006110 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 216 | 1 | N → S in CDG1A. Ref.16 Ref.17 | VAR_022501 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 217 | 1 | D → E in CDG1A. Ref.16 Ref.17 | VAR_022502 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 218 | 1 | H → L in CDG1A. Ref.16 | VAR_022503 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 223 | 1 | D → E in CDG1A; normal activity but lower affinity for alpha-D-mannose 1-phosphate. Ref.12 Ref.14 Ref.16 Ref.17 | VAR_006111 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 223 | 1 | D → N in CDG1A. Ref.20 | VAR_022504 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 226 | 1 | T → S in CDG1A. Ref.16 Ref.21 | VAR_022505 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 228 | 1 | G → C in CDG1A. Ref.16 | VAR_022506 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 228 | 1 | G → R in CDG1A. Ref.16 Ref.17 | VAR_022507 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 229 | 1 | Y → S in CDG1A. Ref.13 Ref.16 | VAR_006112 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 231 | 1 | V → M in CDG1A. Ref.16 Ref.17 Ref.18 Ref.21 Ref.22 | VAR_006113 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 233 | 1 | A → T in CDG1A; could be a rare polymorphism. Ref.16 | VAR_006114 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 237 | 1 | T → M in CDG1A. Ref.16 Ref.18 Ref.21 | VAR_006115 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 237 | 1 | T → R in CDG1A; loss of activity. Ref.14 Ref.16 Ref.17 Ref.21 | VAR_022508 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 238 | 1 | R → G in CDG1A. Ref.16 | VAR_022509 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 238 | 1 | R → P in CDG1A. Ref.13 | VAR_006116 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 241 | 1 | C → S in CDG1A. Ref.16 Ref.21 | VAR_022510 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 6 – 14 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 15 – 17 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 26 – 35 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 36 – 38 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 39 – 44 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 49 – 56 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 60 – 63 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 65 – 69 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 70 – 72 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 74 – 77 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 80 – 84 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 87 – 91 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 93 – 109 | 17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 119 – 123 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 126 – 129 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 138 – 151 | 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 153 – 164 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 165 – 167 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 170 – 175 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 176 – 178 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 179 – 184 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 189 – 195 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 196 – 198 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 202 – 208 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 219 – 222 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 226 – 230 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 234 – 244 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
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| [22] | "Characterization of two unusual truncating PMM2 mutations in two CDG-Ia patients." Schollen E., Keldermans L., Foulquier F., Briones P., Chabas A., Sanchez-Valverde F., Adamowicz M., Pronicka E., Wevers R., Matthijs G. Mol. Genet. Metab. 90:408-413(2007) [PubMed: 17307006] [Abstract] Cited for: VARIANTS CDG1A ALA-44 AND MET-231. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
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| U85773 mRNA. Translation: AAC51368.1. AF157796 AF157795 Genomic DNA. Translation: AAD45895.1. AK291537 mRNA. Translation: BAF84226.1. CH471112 Genomic DNA. Translation: EAW85202.1. BC008310 mRNA. Translation: AAH08310.1. | |||||||||||||||||||
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Other Resources | |||||||||||||||||||
| NextBio | 20846. | ||||||||||||||||||
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Entry information
| Entry name | PMM2_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: O15305 Secondary accession number(s): A8K672 | ||||||||
| Entry history |
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| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 16 Human chromosome 16: entries, gene names and cross-references to MIM |
| Human entries with polymorphisms or disease mutations List of human entries with polymorphisms or disease mutations |
| Human polymorphisms and disease mutations Index of human polymorphisms and disease mutations |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PATHWAY comments Index of metabolic and biosynthesis pathways |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

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