O15118 (NPC1_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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May 1, 2013.
Version 126.
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| Protein names | Recommended name: Niemann-Pick C1 protein | ||
| Gene names |
| ||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Reference proteome] | ||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 1278 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Intracellular cholesterol transporter which acts in concert with NPC2 and plays an important role in the egress of cholesterol from the endosomal/lysosomal compartment. Both NPC1 and NPC2 function as the cellular 'tag team duo' (TTD) to catalyze the mobilization of cholesterol within the multivesicular environment of the late endosome (LE) to effect egress through the limiting bilayer of the LE. NPC2 binds unesterified cholesterol that has been released from LDLs in the lumen of the late endosomes/lysosomes and transfers it to the cholesterol-binding pocket of the N-terminal domain of NPC1. Cholesterol binds to NPC1 with the hydroxyl group buried in the binding pocket and is exported from the limiting membrane of late endosomes/ lysosomes to the ER and plasma membrane by an unknown mechanism. Binds oxysterol with higher affinity than cholesterol. May play a role in vesicular trafficking in glia, a process that may be crucial for maintaining the structural and functional integrity of nerve terminals. Ref.8 |
| Subunit structure | Interacts with TMEM97. Interacts (via the second lumenal domain) with NPC2 in a cholestrol-dependent manner By similarity. Ref.9 |
| Subcellular location | Late endosome membrane; Multi-pass membrane protein. Lysosome membrane; Multi-pass membrane protein Ref.7. |
| Domain | A cysteine-rich N-terminal domain and a C-terminal domain containing a di-leucine motif necessary for lysosomal targeting are critical for mobilization of cholesterol from lysosomes. |
| Post-translational modification | Glycosylated. Ref.6 |
| Involvement in disease | Niemann-Pick disease C1 (NPC1) [MIM:257220]: A lysosomal storage disorder that affects the viscera and the central nervous system. It is due to defective intracellular processing and transport of low-density lipoprotein derived cholesterol. It causes accumulation of cholesterol in lysosomes, with delayed induction of cholesterol homeostatic reactions. Niemann-Pick disease type C1 has a highly variable clinical phenotype. Clinical features include variable hepatosplenomegaly and severe progressive neurological dysfunction such as ataxia, dystonia and dementia. The age of onset can vary from infancy to late adulthood. An allelic variant of Niemann-Pick disease type C1 is found in people with Nova Scotia ancestry. Patients with the Nova Scotian clinical variant are less severely affected. |
| Sequence similarities | Belongs to the patched family. Contains 1 SSD (sterol-sensing) domain. |
Ontologies
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Signal peptide | 1 – 22 | 22 | Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 23 – 1278 | 1256 | Niemann-Pick C1 protein | PRO_0000023261 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 23 – 269 | 247 | Lumenal Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 270 – 290 | 21 | Helical; Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 291 – 350 | 60 | Cytoplasmic Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 351 – 371 | 21 | Helical; Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 372 – 621 | 250 | Lumenal Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 622 – 642 | 21 | Helical; Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 643 – 654 | 12 | Cytoplasmic Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 655 – 675 | 21 | Helical; Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 676 – 677 | 2 | Lumenal Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 678 – 698 | 21 | Helical; Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 699 – 759 | 61 | Cytoplasmic Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 760 – 780 | 21 | Helical; Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 781 – 832 | 52 | Lumenal Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 833 – 853 | 21 | Helical; Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 854 – 1098 | 245 | Cytoplasmic Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 1099 – 1119 | 21 | Helical; Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 1120 – 1124 | 5 | Lumenal Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 1125 – 1145 | 21 | Helical; Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 1146 – 1195 | 50 | Cytoplasmic Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 1196 – 1216 | 21 | Helical; Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 1217 – 1227 | 11 | Lumenal Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 1228 – 1248 | 21 | Helical; Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 1249 – 1278 | 30 | Cytoplasmic Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 620 – 785 | 166 | SSD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif | 1275 – 1278 | 4 | Di-leucine motif | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Compositional bias | 249 – 259 | 11 | Poly-Pro | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 70 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 122 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 135 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Ref.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 185 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 222 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 452 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 459 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 478 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 524 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Ref.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 63 | 1 | C → R in NPC1. Ref.22 | VAR_043172 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 74 | 1 | C → Y in NPC1. Ref.27 | VAR_043173 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 92 | 1 | Q → R in NPC1. Ref.20 Ref.23 | VAR_043174 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 113 | 1 | C → R in NPC1; partially mislocalized from late endocytic organelles diffusely to the cell periphery; localizes to the endoplasmic reticulum Rab7-negative endosomes and the cell surface; does not clears the lysosomal cholesterol accumulation in NPC1-deficient cells. Ref.26 | VAR_043175 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 137 | 1 | T → M in NPC1. Ref.20 Ref.28 | VAR_043176 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 151 | 1 | S → G. Ref.4 Corresponds to variant rs17855819 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_043177 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 166 | 1 | P → S in NPC1. Ref.27 Ref.30 | VAR_043178 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 177 | 1 | C → G in NPC1; late infantile form. Ref.19 | VAR_008815 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 177 | 1 | C → Y in NPC1. Ref.23 Ref.28 Ref.30 | VAR_015561 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 215 | 1 | H → R Common polymorphism in Japanese. Ref.3 Ref.18 Ref.23 Ref.25 Ref.27 Ref.28 Ref.29 Corresponds to variant rs1805081 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_008816 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 222 | 1 | N → S in NPC1. Ref.27 Corresponds to variant rs55680026 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_043179 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 231 | 1 | V → G in NPC1. Ref.24 | VAR_043180 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 237 | 1 | P → S in NPC1; late infantile form. Ref.19 Ref.20 Ref.21 Ref.24 Ref.27 | VAR_008817 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 242 | 1 | D → H in NPC1. Ref.21 | VAR_043181 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 242 | 1 | D → N in NPC1. Ref.20 | VAR_043182 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 247 | 1 | C → Y in NPC1. Ref.27 | VAR_043183 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 248 | 1 | G → V in NPC1. Ref.20 | VAR_043184 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 272 | 1 | M → R in NPC1. Ref.21 | VAR_043185 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 273 | 1 | W → S Colocalizes with the wild-type protein with Rab7-positive late endosomes; clears the lysosomal cholesterol accumulation in NPC1-deficient cells. Ref.26 | VAR_043186 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 333 | 1 | G → D. | VAR_008818 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 372 | 1 | R → W in NPC1. Ref.28 | VAR_043187 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 378 | 1 | V → A in NPC1. Ref.21 | VAR_015562 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 380 | 1 | L → F in NPC1. Ref.27 | VAR_043188 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 381 | 1 | W → C. Ref.24 | VAR_043189 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 388 | 1 | A → P in NPC1. Ref.27 | VAR_043190 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 389 | 1 | R → C in NPC1. Ref.27 | VAR_043191 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 401 | 1 | P → T in NPC1. Ref.20 | VAR_043192 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 404 | 1 | R → P in NPC1. Ref.30 | VAR_043193 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 404 | 1 | R → Q in NPC1. Ref.20 Ref.21 Ref.22 | VAR_043194 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 404 | 1 | R → W in NPC1. Ref.27 | VAR_043195 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 433 | 1 | P → L in NPC1. Ref.27 | VAR_043196 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 434 | 1 | P → L in NPC1. Ref.28 | VAR_043197 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 434 | 1 | P → S. Ref.27 | VAR_043198 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 451 | 1 | E → K in NPC1. Ref.25 | VAR_043199 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 472 | 1 | L → P. | VAR_008819 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 473 | 1 | S → P in NPC1; late infantile form. Ref.19 | VAR_008820 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 474 | 1 | P → L in NPC1. Ref.25 Ref.28 | VAR_043200 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 479 | 1 | C → Y in NPC1. Ref.28 | VAR_043201 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 509 | 1 | Y → S in NPC1. Ref.27 | VAR_043202 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 510 | 1 | H → P in NPC1; late infantile form. Ref.19 | VAR_008821 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 511 | 1 | T → M. Ref.30 Corresponds to variant rs13381670 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_043203 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 512 | 1 | H → R in NPC1. Ref.3 | VAR_043204 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 518 | 1 | R → Q in NPC1; late infantile form; Common in Japanese. Ref.19 Ref.21 | VAR_008822 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 518 | 1 | R → W in NPC1. Ref.23 | VAR_043205 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 521 | 1 | A → S in NPC1. Ref.27 | VAR_043206 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 537 | 1 | F → L in NPC1. Ref.30 | VAR_043207 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 543 | 1 | P → L in NPC1. Ref.27 Ref.30 | VAR_043208 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 574 | 1 | T → K in NPC1. | VAR_043209 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 576 | 1 | K → R in NPC1. Ref.28 | VAR_043210 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 605 | 1 | A → V in NPC1. Ref.21 | VAR_043211 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 612 | 1 | E → D in NPC1. Ref.20 | VAR_043212 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 615 | 1 | R → C in NPC1. Ref.27 | VAR_043213 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 615 | 1 | R → L in NPC1. Ref.30 | VAR_043214 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 631 | 1 | M → R in NPC1. Ref.21 Ref.30 | VAR_043215 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 640 | 1 | G → R in NPC1. Ref.27 | VAR_043216 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 642 | 1 | M → I. Ref.1 Ref.3 Ref.4 Ref.23 Ref.24 Ref.25 Ref.28 Ref.29 Corresponds to variant rs1788799 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_008823 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 652 | 1 | S → W in NPC1. Ref.20 | VAR_043217 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 660 | 1 | G → S in NPC1. Ref.27 | VAR_043218 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 664 | 1 | V → M in NPC1. Ref.27 Ref.28 | VAR_043219 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 666 | 1 | S → N in NPC1. Ref.31 | VAR_043220 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 670 | 1 | C → W in NPC1. Ref.3 | VAR_043221 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 673 | 1 | G → V in NPC1. Ref.27 | VAR_043222 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 684 | 1 | L → F in NPC1. Ref.27 | VAR_043223 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 691 | 1 | P → L in NPC1. Ref.27 | VAR_043224 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 695 | 1 | L → V in NPC1. Ref.27 | VAR_043225 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 700 | 1 | D → N in NPC1. Ref.27 | VAR_043226 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 703 | 1 | F → S in NPC1. Ref.19 | VAR_043227 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 724 | 1 | L → P in NPC1. Ref.21 | VAR_043228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 727 | 1 | V → F in NPC1. Ref.28 | VAR_043229 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 734 | 1 | S → I in NPC1. Ref.27 | VAR_043230 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 742 | 1 | E → K in NPC1. Ref.27 | VAR_043231 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 745 | 1 | A → E in NPC1. Ref.27 | VAR_043232 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 754 | 1 | M → K in NPC1. Ref.28 | VAR_043233 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 757 | 1 | V → A. | VAR_008824 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 763 | 1 | F → L in NPC1. Ref.30 | VAR_043234 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 767 | 1 | A → V in NPC1. Ref.27 | VAR_043235 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 775 | 1 | Q → P in NPC1. Ref.21 Ref.28 | VAR_043236 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 789 | 1 | R → C in NPC1. Ref.20 | VAR_043237 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 789 | 1 | R → G in NPC1. Ref.27 | VAR_043238 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 825 | 1 | Y → C in NPC1. Ref.3 Ref.20 Ref.21 Ref.30 | VAR_043239 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 849 | 1 | S → I in NPC1. Ref.3 | VAR_043240 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 858 | 1 | I → V Common polymorphism in Japanese. Ref.3 Ref.18 Ref.23 Ref.25 Ref.28 Ref.29 Corresponds to variant rs1805082 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_008825 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 862 | 1 | Q → L in NPC1. Ref.30 | VAR_043241 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 865 | 1 | S → L in NPC1. Ref.28 Ref.30 | VAR_043242 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 871 | 1 | Y → C in NPC1. Ref.30 | VAR_043243 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 873 | 1 | V → A. Ref.19 | VAR_043244 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 874 | 1 | D → V in NPC1. Ref.3 Ref.20 Ref.21 Ref.24 | VAR_043245 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 888 | 1 | P → S in NPC1. Ref.20 | VAR_043246 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 889 | 1 | V → M in NPC1; adult form. Ref.19 | VAR_008826 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 890 | 1 | Y → C in NPC1. Ref.25 | VAR_043247 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 899 | 1 | Y → D in NPC1. Ref.25 | VAR_043248 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 910 | 1 | G → S in NPC1. Ref.25 | VAR_043249 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 917 | 1 | D → Y in NPC1. Ref.30 | VAR_043250 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 926 | 1 | A → T in NPC1. Ref.28 | VAR_043251 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 927 | 1 | A → V in NPC1. Ref.22 | VAR_043252 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 928 | 1 | Q → P in NPC1. Corresponds to variant rs28940897 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_008827 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 929 | 1 | L → P in NPC1. Ref.20 | VAR_043253 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 934 | 1 | R → Q in NPC1. Ref.16 Ref.21 Ref.30 | VAR_008828 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 940 | 1 | S → L in NPC1. Ref.16 Ref.20 Ref.30 | VAR_008829 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 942 | 1 | W → C in NPC1. Ref.23 Ref.28 | VAR_043254 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 943 | 1 | I → M in NPC1. Ref.21 | VAR_043255 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 944 | 1 | D → N in NPC1. Ref.20 Ref.21 Ref.28 | VAR_043256 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 945 | 1 | D → N in NPC1. Ref.27 | VAR_043257 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 948 | 1 | D → H in NPC1. Ref.28 | VAR_043258 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 948 | 1 | D → N in NPC1. Ref.16 Ref.20 Ref.24 | VAR_008830 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 948 | 1 | D → Y in NPC1. Ref.3 | VAR_043259 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 950 | 1 | V → M in NPC1; adult form. Ref.21 Ref.30 | VAR_015563 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 954 | 1 | S → L in NPC1. Ref.3 Ref.16 Ref.19 | VAR_008831 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 956 | 1 | C → Y in NPC1; late infantile form. Ref.19 | VAR_008832 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 958 | 1 | R → L in NPC1. Ref.3 | VAR_043260 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 958 | 1 | R → Q in NPC1. Ref.20 | VAR_015564 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 959 | 1 | V → E in NPC1. Ref.28 | VAR_043261 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 961 – 966 | 6 | NITDQF → S in NPC1. Ref.31 | VAR_043262 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 961 | 1 | N → S in NPC1. Ref.31 Corresponds to variant rs34084984 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_043263 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 968 | 1 | N → S in NPC1. Ref.29 Ref.30 | VAR_043264 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 971 | 1 | V → G. Ref.3 | VAR_043265 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 976 | 1 | C → R in NPC1. Ref.20 | VAR_043266 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 978 | 1 | R → C in NPC1. Ref.20 Ref.23 Corresponds to variant rs28942108 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_015565 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 986 | 1 | G → S in NPC1. Ref.21 | VAR_043267 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 992 | 1 | G → A in NPC1. Ref.30 | VAR_043268 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 992 | 1 | G → R in NPC1. Ref.21 Ref.30 | VAR_015566 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 992 | 1 | G → W in NPC1; found in the Nova Scotian clinical variant. Ref.15 Ref.16 Ref.22 Ref.25 Ref.30 | VAR_008833 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 996 | 1 | M → R in NPC1. Ref.19 | VAR_043269 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1004 | 1 | S → L in NPC1. Ref.20 | VAR_043270 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1007 | 1 | P → A in NPC1. Ref.3 Ref.16 Ref.20 Ref.21 Ref.23 Ref.25 Ref.28 Ref.30 | VAR_008834 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1012 | 1 | G → D in NPC1. Ref.22 | VAR_043271 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1015 | 1 | G → V in NPC1. Ref.29 | VAR_043272 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1016 | 1 | H → R in NPC1. Ref.27 | VAR_043273 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1023 | 1 | V → G in NPC1. Ref.20 | VAR_043274 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1034 | 1 | G → R in NPC1. Ref.29 | VAR_043275 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1035 | 1 | A → V in NPC1. Ref.23 Ref.28 Corresponds to variant rs28942107 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_015567 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1036 | 1 | T → K in NPC1. Ref.28 | VAR_043276 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1036 | 1 | T → M in NPC1. Ref.30 Corresponds to variant rs28942104 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_008835 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1049 | 1 | A → V. Ref.3 | VAR_043277 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1054 | 1 | A → T in NPC1. Ref.21 | VAR_043278 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1059 | 1 | R → Q in NPC1. Ref.27 | VAR_043279 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1061 | 1 | I → T in NPC1; late infantile form. Ref.3 Ref.16 Ref.17 Ref.19 Ref.20 Ref.21 Ref.23 Ref.25 Ref.28 Ref.30 | VAR_008836 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1062 | 1 | A → V in NPC1. Ref.30 | VAR_043280 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1066 | 1 | T → N in NPC1. Ref.28 | VAR_043281 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1087 | 1 | F → L in NPC1. Ref.27 | VAR_043282 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1088 | 1 | Y → C in NPC1; juvenile form. Ref.19 Corresponds to variant rs28942106 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_008837 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1089 | 1 | E → K in NPC1. Ref.20 | VAR_043283 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1094 | 1 | I → T in NPC1. Ref.24 | VAR_043284 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1097 | 1 | D → N in NPC1. Ref.30 | VAR_043285 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1137 | 1 | N → I in NPC1. Ref.27 | VAR_043286 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1140 | 1 | G → V in NPC1. Ref.27 | VAR_043287 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1142 | 1 | M → T in NPC1. Ref.20 Ref.21 | VAR_043288 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1150 | 1 | N → K in NPC1. Ref.20 | VAR_043289 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1156 | 1 | N → I in NPC1. Ref.28 Corresponds to variant rs28942105 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_043290 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1156 | 1 | N → S in NPC1. Ref.20 Ref.22 Ref.25 Ref.28 Corresponds to variant rs28942105 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_008838 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1165 | 1 | V → M in NPC1. Ref.20 | VAR_043291 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1167 | 1 | F → L in NPC1. | VAR_008839 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1168 | 1 | C → Y in NPC1. Ref.21 | VAR_043292 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1174 | 1 | A → V in NPC1. Ref.30 | VAR_043293 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1186 | 1 | R → H in NPC1. Ref.20 Ref.21 Ref.30 | VAR_008840 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1189 | 1 | E → G in NPC1. Ref.20 | VAR_043294 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1205 | 1 | T → K in NPC1. Ref.27 | VAR_043295 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1205 | 1 | T → R in NPC1. Ref.19 | VAR_043296 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1212 | 1 | V → L in NPC1. Ref.29 | VAR_043297 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1213 | 1 | L → F in NPC1; juvenile form. Ref.19 | VAR_008841 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1213 | 1 | L → V in NPC1. Ref.16 | VAR_008842 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1216 | 1 | A → V in NPC1. Ref.30 | VAR_043298 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1220 | 1 | I → T. | VAR_008843 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1224 | 1 | F → L in NPC1. Ref.28 | VAR_043299 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1236 | 1 | G → E in NPC1. Ref.19 | VAR_043300 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1240 | 1 | G → R in NPC1. Ref.30 | VAR_043301 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1249 | 1 | S → G in NPC1. Ref.27 | VAR_043302 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 1266 | 1 | R → Q Common polymorphism in Japanese. Ref.18 Ref.27 Ref.28 Ref.29 Corresponds to variant rs1805084 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_008844 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 63 | 1 | C → S: Loss of function. Ref.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 97 | 1 | C → S: Loss of function. Ref.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 26 – 35 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 38 – 43 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 53 – 55 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 56 – 62 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 64 – 66 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 72 – 74 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 77 – 85 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 88 – 94 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 98 – 113 | 16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 117 – 120 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 121 – 130 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 132 – 134 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 137 – 148 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 150 – 160 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 168 – 171 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 173 – 176 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 177 – 179 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 181 – 183 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 186 – 193 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 196 – 198 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 199 – 209 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 240 – 242 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 244 – 246 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | AF002020 mRNA. Translation: AAB63982.1. AF157379 AF157378 Genomic DNA. Translation: AAD48006.1.AF338230 Genomic DNA. Translation: AAK25791.1. AH009108 Genomic DNA. Translation: AAF28875.1. BC063302 mRNA. Translation: AAH63302.1. | ||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00005107. | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_000262.2. NM_000271.4. | ||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.464779. Hs.715623. | ||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | O15118. | ||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||
| IntAct | O15118. 4 interactions. | ||||||||||||||||||||||||
| STRING | 9606.ENSP00000269228. | ||||||||||||||||||||||||
Protein family/group databases | |||||||||||||||||||||||||
| TCDB | 2.A.6.6.1. resistance-nodulation-cell division (RND) superfamily. | ||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | O15118. | ||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| PaxDb | O15118. | ||||||||||||||||||||||||
| PeptideAtlas | O15118. | ||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | O15118. | ||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000269228; ENSP00000269228; ENSG00000141458. | ||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 4864. | ||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:4864. | ||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc002kum.4. human. | ||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||
| CTD | 4864. | ||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC18M021111. | ||||||||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0039703. | ||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:7897. NPC1. | ||||||||||||||||||||||||
| HPA | HPA026618. | ||||||||||||||||||||||||
| MIM | 257220. phenotype. 607623. gene. | ||||||||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_O15118. | ||||||||||||||||||||||||
| Orphanet | 216986. Niemann-Pick disease type C, adult neurologic onset. 216981. Niemann-Pick disease type C, juvenile neurologic onset. 216978. Niemann-Pick disease type C, late infantile neurologic onset. 216975. Niemann-Pick disease type C, severe early infantile neurologic onset. 216972. Niemann-Pick disease type C, severe perinatal. | ||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA31698. | ||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | NOG149152. | ||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG003913. | ||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | O15118. | ||||||||||||||||||||||||
| KO | K12385. | ||||||||||||||||||||||||
| OMA | DGYDLVQ. | ||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG46DM1Z. | ||||||||||||||||||||||||
| PhylomeDB | O15118. | ||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | O15118. | ||||||||||||||||||||||||
| Bgee | O15118. | ||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_NPC1. | ||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | O15118. | ||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000141458. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR004765. NP_C_type. IPR003392. Patched. IPR000731. SSD. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF02460. Patched. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR00917. 2A060601. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS50156. SSD. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||
| ChEMBL | CHEMBL1293277. | ||||||||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | O15118. | ||||||||||||||||||||||||
| GenomeRNAi | 4864. | ||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 18738. | ||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | NPC1_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: O15118 Secondary accession number(s): Q9P130 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
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