Reviewed,
UniProtKB/Swiss-Prot O14727 (APAF_HUMAN)
Last modified
November 3, 2009.
Version 121.
History...
Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (4) |
Third-party data |
Customize display | text xml rdf/xml gff fasta |
Names and origin
| Protein names | Recommended name: Apoptotic protease-activating factor 1 Short name=Apaf-1 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Complete proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 1248 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is not processed. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Oligomeric Apaf-1 mediates the cytochrome c-dependent autocatalytic activation of pro-caspase-9 (Apaf-3), leading to the activation of caspase-3 and apoptosis. This activation requires ATP. Isoform 6 is less effective in inducing apoptosis. Ref.4 Ref.5 |
| Subunit structure | Monomer. Oligomerizes upon binding of cytochrome c and dATP. Oligomeric Apaf-1 and pro-caspase-9 bind to each other via their respective NH2-terminal CARD domains and consecutively mature caspase-9 is released from the complex. Pro-caspase-3 is recruited into the Apaf-1-pro-caspase-9 complex via interaction with pro-caspase-9. Interacts with APIP. Ref.4 Ref.10 Ref.12 |
| Subcellular location | |
| Tissue specificity | Ubiquitous. Highest levels of expression in adult spleen and peripheral blood leukocytes, and in fetal brain, kidney and lung. Isoform 1 is expressed in heart, kidney and liver. |
| Induction | By E2F and p53 in apoptotic neurons. Ref.11 |
| Domain | The CARD domain mediates interaction with APIP. |
| Sequence similarities | Contains 1 CARD domain. Contains 1 NB-ARC domain. Contains 13 WD repeats. |
| Sequence caution | The sequence AAK28401.1 differs from that shown. Reason: Frameshift at position 108. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Apoptosis |
| Cellular component | Cytoplasm |
| Coding sequence diversity | Alternative splicing |
| Domain | Repeat WD repeat |
| Ligand | ATP-binding Nucleotide-binding |
| PTM | Phosphoprotein |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Direct protein sequencing |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | activation of caspase activity by cytochrome c Ref.1 Inferred from direct assay. Source: UniProtKB defense responseInferred from electronic annotation. Source: InterPro nervous system developmentTraceable author statement. Source: ProtInc |
| Cellular component | cytosol Ref.1 Inferred from Experiment. Source: Reactome |
| Molecular function | ATP binding Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW caspase activator activity Ref.1Non-traceable author statement. Source: UniProtKB protein binding Ref.1Inferred from physical interaction. Source: UniProtKB |
| Complete GO annotation... | |
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| CASP9 | P55211 | 2 | EBI-446492,EBI-516799 | |
| CYCS | P99999 | 2 | EBI-446492,EBI-446479 | |
| PPP1CA | P62136 | 2 | EBI-446492,EBI-357253 |
Alternative products
| This entry describes 6 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform 1 (identifier: O14727-1) Also known as: Apaf-1XL; This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: O14727-2) Also known as: Apaf-1L; The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 99-109: Missing. | ||||||
| Isoform 3 (identifier: O14727-3) Also known as: Apaf-1S; The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 99-109: Missing. 824-866: Missing. | ||||||
| Isoform 4 (identifier: O14727-4) Also known as: Apaf-1M; The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 824-866: Missing. | ||||||
| Isoform 5 (identifier: O14727-5) Also known as: Apaf-1XS; The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 575-575: E → ETLGFESKK 824-866: Missing. 1113-1154: Missing. | ||||||
| Isoform 6 (identifier: O14727-6) Also known as: Apaf-1-ALT; The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 319-338: GSPLVVSLIGALLRDFPNRW → VVERCHWGILTDLLHKWNQS 339-1248: Missing. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 1248 | 1248 | Apoptotic protease-activating factor 1 | PRO_0000050844 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 1 – 90 | 90 | CARD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 104 – 415 | 312 | NB-ARC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 613 – 652 | 40 | WD 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 655 – 694 | 40 | WD 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 697 – 738 | 42 | WD 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 741 – 780 | 40 | WD 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 796 – 836 | 41 | WD 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 838 – 877 | 40 | WD 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 880 – 919 | 40 | WD 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 959 – 998 | 40 | WD 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 1001 – 1040 | 40 | WD 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 1042 – 1080 | 39 | WD 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 1083 – 1122 | 40 | WD 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 1125 – 1164 | 40 | WD 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 1175 – 1212 | 38 | WD 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 154 – 161 | 8 | ATP Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Compositional bias | 95 – 98 | 4 | Poly-Ser | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 204 | 1 | Phosphothreonine Ref.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 238 | 1 | Phosphoserine Ref.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 248 | 1 | Phosphoserine Ref.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 99 – 109 | 11 | Missing in isoform 2 and isoform 3. | VSP_006759 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 319 – 338 | 20 | GSPLV…FPNRW → VVERCHWGILTDLLHKWNQS in isoform 6. | VSP_008965 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 339 – 1248 | 910 | Missing in isoform 6. | VSP_008966 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 575 | 1 | E → ETLGFESKK in isoform 5. | VSP_006760 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 824 – 866 | 43 | Missing in isoform 3, isoform 4 and isoform 5. | VSP_006761 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 1113 – 1154 | 42 | Missing in isoform 5. | VSP_006762 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 160 | 1 | K → R: No association with APAF-1. No binding to pro-caspase-9. Ref.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 368 | 1 | M → L: Activation of pro-caspase-9 independent of cytochrome c. Increased ability to induce apoptosis. Ref.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 134 | 1 | N → S Ref.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 145 | 1 | G → C in CAB55587. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 161 | 1 | S → F in CAB55586. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 370 | 1 | I → T in CAB55581. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 383 | 1 | Y → H in CAB55586. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 544 | 1 | F → L in CAB55584. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 580 | 1 | A → T in CAB55580. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 608 | 1 | R → C in CAB55585. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 620 | 1 | H → R in CAB55587. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 639 | 1 | L → F in CAB55583. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 708 | 1 | T → A in CAB55579. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 742 | 1 | H → R in CAB55584. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 746 | 1 | V → A in CAB55586. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 757 | 1 | L → P in CAB56462. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 795 | 1 | E → G in CAB55581. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 798 | 1 | E → G in CAB55587. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 825 | 1 | D → A in CAB55585. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 871 | 1 | S → L in CAB55587. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 876 | 1 | A → T in CAB55581. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 949 | 1 | I → V in CAB55585. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 1008 | 1 | H → R in CAB55582. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 1056 | 1 | S → P in CAB55582. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 1241 | 1 | L → I in BAA24843. Ref.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 3 – 11 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 13 – 19 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 22 – 32 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 37 – 44 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 46 – 48 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 49 – 61 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 65 – 77 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 81 – 87 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 88 – 90 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 108 – 116 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 130 – 140 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 148 – 153 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 160 – 168 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 171 – 177 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 182 – 189 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 192 – 206 | 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 220 – 233 | 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 239 – 245 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 248 – 252 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 259 – 265 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 267 – 270 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 277 – 281 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 288 – 299 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 303 – 305 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 309 – 316 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 317 – 319 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 321 – 333 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 338 – 346 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 362 – 373 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 377 – 379 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 380 – 385 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 386 – 388 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 397 – 404 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 408 – 420 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 423 – 429 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 432 – 436 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 439 – 448 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 450 – 452 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 453 – 464 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 465 – 467 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 470 – 472 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 480 – 493 | 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 497 – 504 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 507 – 517 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 520 – 528 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 530 – 532 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 535 – 550 | 16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 551 – 556 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 563 – 567 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 575 – 585 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Apaf-1, a human protein homologous to C. elegans CED-4, participates in cytochrome c-dependent activation of caspase-3." Zou H., Henzel W.J., Liu X., Lutschg A., Wang X. Cell 90:405-413(1997) [PubMed: 9267021] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] (ISOFORM 3), PARTIAL PROTEIN SEQUENCE. Tissue: Cervix carcinoma. |
| [2] | "Three new types of Apaf-1 in mammalian cells." Hahn C., Hirsch B., Jahnke D., Duerkop H., Stein H. Biochem. Biophys. Res. Commun. 261:746-749(1999) [PubMed: 10441496] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] (ISOFORMS 1; 4 AND 5). Tissue: Cervix carcinoma, Heart and Peripheral blood. |
| [3] | "Cytochrome c and dATP-mediated oligomerization of Apaf-1 is a prerequisite for procaspase-9 activation." Saleh A., Srinivasula S.M., Acharya S., Fishel R., Alnemri E.S. J. Biol. Chem. 274:17941-17945(1999) [PubMed: 10364241] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] (ISOFORM 2). Tissue: T-cell. |
| [4] | "Role of cytochrome c and dATP/ATP hydrolysis in Apaf-1-mediated caspase-9 activation and apoptosis." Hu Y., Benedict M.A., Ding L., Nunez G. EMBO J. 18:3586-3595(1999) [PubMed: 10393175] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] (ISOFORM 1), FUNCTION, SUBUNIT, MUTAGENESIS OF LYS-160 AND MET-368. Tissue: Kidney. |
| [5] | "APAF-1-ALT, a novel alternative splicing form of APAF-1, potentially causes impeded ability of undergoing DNA damage-induced apoptosis in the LNCaP human prostate cancer cell line." Ogawa T., Shiga K., Hashimoto S., Kobayashi T., Horii A., Furukawa T. Biochem. Biophys. Res. Commun. 306:537-543(2003) [PubMed: 12804598] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] (ISOFORMS 1 AND 6), FUNCTION, SUBCELLULAR LOCATION. Tissue: Prostatic carcinoma. |
| [6] | "Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. VIII. 78 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro." Ishikawa K., Nagase T., Nakajima D., Seki N., Ohira M., Miyajima N., Tanaka A., Kotani H., Nomura N., Ohara O. DNA Res. 4:307-313(1997) [PubMed: 9455477] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA] (ISOFORM 2). Tissue: Brain. |
| [7] | "Construction of expression-ready cDNA clones for KIAA genes: manual curation of 330 KIAA cDNA clones." Nakajima D., Okazaki N., Yamakawa H., Kikuno R., Ohara O., Nagase T. DNA Res. 9:99-106(2002) [PubMed: 12168954] [Abstract] Cited for: SEQUENCE REVISION. |
| [8] | "The mammalian CED4 homologue, APAF1, exists as two distinct forms in human cells." Roberts D.L., Dalgleish R., Cohen G.M., MacFarlane M. Submitted (MAR-1999) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA] OF 810-864 AND 866-883. |
| [9] | "Cloning of variant Apaf1." Won M., Lee J.-W., Ohr H.-H., Kim D.-U., Chung K.-S., Lee M., Yoo H.-S. Submitted (MAR-2000) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] OF 1-138 (ISOFORMS 1/4/5). |
| [10] | "Autoactivation of procaspase-9 by Apaf-1-mediated oligomerization." Srinivasula S.M., Ahmad M., Fernandes-Alnemri T., Alnemri E.S. Mol. Cell 1:949-957(1998) [PubMed: 9651578] [Abstract] Cited for: APAF-1-MEDIATED OLIGOMERIZATION. |
| [11] | "Apaf-1 is a transcriptional target for E2F and p53." Moroni M.C., Hickman E.S., Denchi E.L., Caprara G., Colli E., Cecconi F., Mueller H., Helin K. Nat. Cell Biol. 3:552-558(2001) [PubMed: 11389439] [Abstract] Cited for: INDUCTION BY E2F AND P53. |
| [12] | "Induced inhibition of ischemic/hypoxic injury by APIP, a novel Apaf-1-interacting protein." Cho D.-H., Hong Y.-M., Lee H.-J., Woo H.-N., Pyo J.-O., Mak T.W., Jung Y.-K. J. Biol. Chem. 279:39942-39950(2004) [PubMed: 15262985] [Abstract] Cited for: INTERACTION WITH APIP. |
| [13] | "Global, in vivo, and site-specific phosphorylation dynamics in signaling networks." Olsen J.V., Blagoev B., Gnad F., Macek B., Kumar C., Mortensen P., Mann M. Cell 127:635-648(2006) [PubMed: 17081983] [Abstract] Cited for: PHOSPHORYLATION [LARGE SCALE ANALYSIS] AT THR-204; SER-238 AND SER-248, MASS SPECTROMETRY. Tissue: Epithelium. |
| [14] | "Crystal structure of Apaf-1 caspase recruitment domain: an alpha-helical Greek key fold for apoptotic signaling." Vaughn D.E., Rodriguez J., Lazebnik Y., Joshua-Tor L. J. Mol. Biol. 293:439-447(1999) [PubMed: 10543941] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (1.3 ANGSTROMS) OF 1-97. |
| [15] | "Solution structure and mutagenesis of the caspase recruitment domain (CARD) from Apaf-1." Day C.L., Dupont C., Lackmann M., Vaux D.L., Hinds M.G. Cell Death Differ. 6:1125-1132(1999) [PubMed: 10578182] [Abstract] Cited for: STRUCTURE BY NMR OF 1-97. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| AF013263 mRNA. Translation: AAC51678.1. AJ243003 mRNA. Translation: CAB55579.1. AJ243004 mRNA. Translation: CAB55580.1. AJ243005 mRNA. Translation: CAB55581.1. AJ243006 mRNA. Translation: CAB55582.1. AJ243007 mRNA. Translation: CAB55583.1. AJ243008 mRNA. Translation: CAB55584.1. AJ243009 mRNA. Translation: CAB55585.1. AJ243010 mRNA. Translation: CAB55586.1. AJ243011 mRNA. Translation: CAB55587.1. AJ243048 mRNA. Translation: CAB55588.1. AJ243107 mRNA. Translation: CAB56462.1. AF134397 mRNA. Translation: AAD38344.1. AF149794 mRNA. Translation: AAD34016.1. AB007873 mRNA. Translation: BAA24843.2. Different initiation. AB103079 mRNA. Translation: BAC77343.1. AJ133643 Genomic DNA. Translation: CAB65085.1. AJ133644 Genomic DNA. Translation: CAB65086.1. AJ133645 Genomic DNA. Translation: CAB65087.1. AF248734 mRNA. Translation: AAK28401.1. Frameshift. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00023630. IPI00217460. IPI00217461. IPI00217462. IPI00217463. IPI00375875. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | T03818. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_001151.1. NP_037361.1. NP_863651.1. NP_863658.1. NP_863659.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.708112 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP:27624N. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | O14727. 3 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | O14727. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | O14727. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | O14727. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000333991; ENSP00000334558; ENSG00000120868; Homo sapiens. [Genome view] ENST00000339433; ENSP00000341830; ENSG00000120868; Homo sapiens. [Genome view] ENST00000357310; ENSP00000349862; ENSG00000120868; Homo sapiens. [Genome view] ENST00000359972; ENSP00000353059; ENSG00000120868; Homo sapiens. [Genome view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 317. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:317. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc001tfy.1. human. uc001tfz.1. human. uc001tga.1. human. uc001tgb.1. human. uc001tgc.1. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 317. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC12P097541. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0010910. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:576. APAF1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 602233. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA24868. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HUGE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | O14727. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | SSYDYEA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pathway_Interaction_DB | caspase_pathway. Caspase cascade in apoptosis. hivnefpathway. HIV-1 Nef: Negative effector of Fas and TNF-alpha. p75ntrpathway. p75(NTR)-mediated signaling. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_578. Apoptosis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | O14727. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | O14727. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | O14727. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000120868. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR017251. Apoptotic_pept-activating_1. IPR001315. CARD. IPR011029. DEATH-like. IPR000767. Disease_R. IPR020472. G-protein_beta_WD-40_rep_reg. IPR002182. NB-ARC. IPR015943. WD40/YVTN_repeat-like_dom. IPR001680. WD40_repeat. IPR019782. WD40_repeat_2. IPR019775. WD40_repeat_CS. IPR017986. WD40_repeat_dom. IPR019781. WD40_repeat_sg. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:1.10.533.10. DEATH_like. 1 hit. G3DSA:2.130.10.10. WD40/YVTN_repeat-like. 2 hits. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00619. CARD. 1 hit. PF00931. NB-ARC. 1 hit. PF00400. WD40. 10 hits. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIRSF | PIRSF037646. Apop_pept_activating-1. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRINTS | PR00364. DISEASERSIST. PR00320. GPROTEINBRPT. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProDom | PD000018. WD40. 4 hits. [Graphical view] [Entries sharing at least one domain] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00320. WD40. 13 hits. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS50209. CARD. 1 hit. PS00678. WD_REPEATS_1. 4 hits. PS50082. WD_REPEATS_2. 9 hits. PS50294. WD_REPEATS_REGION. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DrugBank | DB00171. Adenosine triphosphate. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 1287. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PMAP-CutDB | O14727. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | APAF_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: O14727 Secondary accession number(s): O43297 Q9UNC9 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 12 Human chromosome 12: entries, gene names and cross-references to MIM |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with


