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UniProtKB/Swiss-Prot O00408 (PDE2A_HUMAN)
Last modified
February 9, 2010.
Version 84.
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Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (6) |
Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase EC=3.1.4.17 Alternative name(s): Cyclic GMP-stimulated phosphodiesterase Short name=CGS-PDE Short name=cGSPDE | ||
| Gene names |
| ||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Complete proteome] | ||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 941 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Cyclic nucleotide phosphodiesterase with a dual-specificity for the second messengers cAMP and cGMP, which are key regulators of many important physiological processes. |
| Catalytic activity | Nucleoside 3',5'-cyclic phosphate + H2O = nucleoside 5'-phosphate. |
| Cofactor | Binds 2 divalent metal cations per subunit. Site 1 may preferentially bind zinc ions, while site 2 has a preference for magnesium and/or manganese ions By similarity. |
| Subunit structure | Homodimer By similarity. |
| Subcellular location | Membrane; Peripheral membrane protein Potential. |
| Tissue specificity | Expressed in brain and to a lesser extent in heart, placenta, lung, skeletal muscle, kidney and pancreas. |
| Domain | GAF 1 functions as a dimerization domain, whereas GAF 2 binds cGMP, which causes activation of the catalytic activity of the enzyme By similarity. |
| Sequence similarities | Belongs to the cyclic nucleotide phosphodiesterase family. PDE2 subfamily. Contains 2 GAF domains. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Cellular component | Membrane |
| Coding sequence diversity | Alternative splicing Polymorphism |
| Domain | Repeat |
| Ligand | Metal-binding Nucleotide-binding cAMP cGMP cGMP-binding |
| Molecular function | Hydrolase |
| PTM | Phosphoprotein |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | signal transduction Inferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Cellular component | extrinsic to membrane Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-SubCell |
| Molecular function | cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity Ref.1 Traceable author statement. Source: ProtInc protein bindingInferred from physical interaction. Source: IntAct |
| Complete GO annotation... | |
Alternative products
| This entry describes 3 isoforms produced by alternative splicing. [Select] Note: Additional isoforms seem to exist. Experimental confirmation may be lacking for some isoforms. | ||||||
| Isoform PDE2A3 (identifier: O00408-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform PDE2A1 (identifier: O00408-2) The sequence of this isoform is not available. | ||||||
| Isoform PDE2A2 (identifier: O00408-3) The sequence of this isoform is not available. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 941 | 941 | cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase | PRO_0000198796 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 241 – 377 | 137 | GAF 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 409 – 548 | 140 | GAF 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 633 – 891 | 259 | Catalytic By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 656 – 660 | 5 | Substrate binding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 656 | 1 | Proton donor By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 660 | 1 | Divalent metal cation 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 696 | 1 | Divalent metal cation 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 697 | 1 | Divalent metal cation 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 697 | 1 | Divalent metal cation 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 808 | 1 | Divalent metal cation 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 431 | 1 | Allosteric activator cGMP By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 446 | 1 | Allosteric activator cGMP By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 499 | 1 | Allosteric activator cGMP By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 697 | 1 | Substrate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 808 | 1 | Substrate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 909 | 1 | Phosphoserine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 224 | 1 | T → I: dbSNP rs341047. | VAR_024170 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 580 – 585 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 586 – 588 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 593 – 595 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 598 – 601 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 607 – 609 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 612 – 614 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 615 – 625 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 628 – 631 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 636 – 648 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 654 – 657 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 658 – 675 | 18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 677 – 679 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 683 – 695 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 696 – 699 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 705 – 710 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 714 – 719 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 720 – 722 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 725 – 738 | 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 745 – 748 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 751 – 766 | 16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 770 – 786 | 17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 793 – 808 | 16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 810 – 813 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 816 – 839 | 24 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 846 – 848 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 850 – 852 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 855 – 865 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 867 – 877 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 879 – 881 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 882 – 896 | 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 904 – 906 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||||||||
References
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| [1] | "Isolation and characterization of human cDNAs encoding a cGMP-stimulated 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase." Rosman G.J., Martins T.J., Sonnenburg W.K., Beavo J.A., Ferguson K., Loughney K. Gene 191:89-95(1997) [PubMed: 9210593] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] (ISOFORM PDE2A3). Tissue: Fetal brain and Hippocampus. |
| [2] | "Large-scale proteomics analysis of the human kinome." Oppermann F.S., Gnad F., Olsen J.V., Hornberger R., Greff Z., Keri G., Mann M., Daub H. Mol. Cell. Proteomics 8:1751-1764(2009) [PubMed: 19369195] [Abstract] Cited for: PHOSPHORYLATION [LARGE SCALE ANALYSIS] AT SER-909, MASS SPECTROMETRY. |
| [3] | "Structural determinants for inhibitor specificity and selectivity in PDE2A using the wheat germ in vitro translation system." Iffland A., Kohls D., Low S., Luan J., Zhang Y., Kothe M., Cao Q., Kamath A.V., Ding Y.H., Ellenberger T. Biochemistry 44:8312-8325(2005) [PubMed: 15938621] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (1.70 ANGSTROMS) OF 578-919 IN COMPLEX WITH METAL IONS AND PHOSPHATE, FUNCTION. |
| [4] | "Mechanism for the allosteric regulation of phosphodiesterase 2A deduced from the X-ray structure of a near full-length construct." Pandit J., Forman M.D., Fennell K.F., Dillman K.S., Menniti F.S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 106:18225-18230(2009) [PubMed: 19828435] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (1.58 ANGSTROMS) OF 215-919 IN COMPLEX WITH METAL IONS AND THE INHIBITOR IBMX, FUNCTION. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | U67733 mRNA. Translation: AAC51320.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00451132. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_001137311.1. NP_001139681.1. NP_002590.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.503163 | ||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | O00408. 2 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | O00408. | ||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | O00408. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | O00408. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000334456; ENSP00000334910; ENSG00000186642; Homo sapiens. [Genome view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 5138. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:5138. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc001osm.1. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 5138. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC11M071964. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0009909. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:8777. PDE2A. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| HPA | CAB009752. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 602658. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA33125. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | prNOG08500. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | O00408. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | O00408. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG95HVHQ. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PhylomeDB | O00408. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| BRENDA | 3.1.4.17. 247. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_14797. Signaling by GPCR. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | O00408. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_PDE2A. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | O00408. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000186642. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR003018. GAF. IPR003607. Metal-dep_PHydrolase_HD_dom. IPR002073. PDEase. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF01590. GAF. 2 hits. PF00233. PDEase_I. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PRINTS | PR00387. PDIESTERASE1. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00065. GAF. 2 hits. SM00471. HDc. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00126. PDEASE_I. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||||||||||||||
| DrugBank | DB00203. Sildenafil. DB00605. Sulindac. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 19812. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | PDE2A_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: O00408 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 11 Human chromosome 11: entries, gene names and cross-references to MIM |
| Human entries with polymorphisms or disease mutations List of human entries with polymorphisms or disease mutations |
| Human polymorphisms and disease mutations Index of human polymorphisms and disease mutations |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with


