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UniProtKB/Swiss-Prot O00182 (LEG9_HUMAN)
Last modified
July 7, 2009.
Version 88.
History...
Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (6) |
Third-party data |
Customize display | text xml rdf/xml gff fasta |
Names and origin
| Protein names | Recommended name: Galectin-9 Alternative name(s): HOM-HD-21 Ecalectin | ||
| Gene names |
| ||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Complete proteome] | ||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 355 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is not processed. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Binds galactosides. Has high affinity for the Forssman pentasaccharide. May play a role in thymocyte-epithelial interactions relevant to the biology of the thymus. Inhibits cell proliferation. The isoform Short acts as an eosinophil chemoattractant. Is a ligand for HAVCR2/TIM3. Induces T-helper type 1 lymphocyte (Th1) death. Ref.6 Ref.7 |
| Subunit structure | Monomer Probable. |
| Subcellular location | Cytoplasm By similarity. Secreted By similarity. Note: May also be secreted by a non-classical secretory pathway By similarity. |
| Tissue specificity | Peripheral blood leukocytes and lymphatic tissues. Overexpressed in Hodgkin's disease tissue. |
| Domain | Contains two homologous but distinct carbohydrate-binding domains. |
| Sequence similarities | Contains 2 galectin domains. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Cellular component | Cytoplasm Secreted |
| Coding sequence diversity | Alternative splicing Polymorphism |
| Domain | Repeat |
| Ligand | Lectin |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | positive regulation of I-kappaB kinase/NF-kappaB cascade Inferred from mutant phenotype. Source: UniProtKB |
| Cellular component | cytoplasm Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-SubCell extracellular regionInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-SubCell |
| Molecular function | galactose binding Ref.1 Traceable author statement. Source: ProtInc signal transducer activityInferred from mutant phenotype. Source: UniProtKB |
| Complete GO annotation... | |
Alternative products
| This entry describes 2 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] Note: Additional isoforms seem to exist. | ||||||
| Isoform Long (identifier: O00182-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform Short (identifier: O00182-2) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 149-180: Missing. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 355 | 355 | Galectin-9 | PRO_0000076946 | |||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 17 – 148 | 132 | Galectin 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 227 – 355 | 129 | Galectin 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 82 – 88 | 7 | Beta-galactoside binding 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 287 – 293 | 7 | Beta-galactoside binding 2 By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 61 | 1 | Beta-galactoside | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 65 | 1 | Beta-galactoside | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 75 | 1 | Beta-galactoside | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 149 – 180 | 32 | Missing in isoform Short. | VSP_003096 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 5 | 1 | G → S: dbSNP rs3751093. Ref.3 | VAR_020453 | |||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 48 | 1 | N → D in CAB93851. Ref.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 79 – 81 | 3 | NGS → KGR in CAB93851. Ref.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 88 | 1 | K → R in CAA88922. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 89 | 1 | T → M in CAB93851. Ref.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 135 | 1 | S → F in CAA88922. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 270 | 1 | P → L in CAA88922. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 313 | 1 | E → G in CAA88922. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 326 | 1 | L → V in CAB93851. Ref.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 341 | 1 | R → K in CAB93851. Ref.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 10 – 12 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 15 – 20 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 30 – 37 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 39 – 41 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 44 – 56 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 58 – 65 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 71 – 78 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 86 – 88 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 98 – 105 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 107 – 114 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 117 – 123 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 128 – 130 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 133 – 147 | 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||
References
| [1] | "Molecular definition of a novel human galectin which is immunogenic in patients with Hodgkin's disease." Tuereci O., Schmitt H., Fadle N., Pfreundschuh M., Sahin U. J. Biol. Chem. 272:6416-6422(1997) [PubMed: 9045665] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] (ISOFORM SHORT). Tissue: Spleen. |
| [2] | Kato S. Submitted (SEP-1997) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] (ISOFORM LONG). Tissue: Gastric carcinoma. |
| [3] | "Human ecalectin, a variant of human galectin-9, is a novel eosinophil chemoattractant produced by T lymphocytes." Matsumoto R., Matsumoto H., Seki M., Hata M., Asano Y., Kanegasaki S., Stevens R.L., Hirashima M. J. Biol. Chem. 273:16976-16984(1998) [PubMed: 9642261] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] (ISOFORM SHORT), VARIANT SER-5. |
| [4] | "Homo sapiens galectin-9 (LGALS9) / ecalectin gene, exon 2 through 11." Akiyama S. Submitted (MAR-2000) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA]. |
| [5] | "Genomic organization of the human galectin-9 gene." Graessler J., Spitzenberger F., Schroeder H.E. Submitted (MAR-2000) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA]. |
| [6] | "The Tim-3 ligand galectin-9 negatively regulates T helper type 1 immunity." Zhu C., Anderson A.C., Schubart A., Xiong H., Imitola J., Khoury S.J., Zheng X.X., Strom T.B., Kuchroo V.K. Nat. Immunol. 6:1245-1252(2005) [PubMed: 16286920] [Abstract] Cited for: FUNCTION AS LIGAND FOR HAVCR2/TIM3. |
| [7] | "Structural analysis of the human galectin-9 N-terminal carbohydrate recognition domain reveals unexpected properties that differ from the mouse orthologue." Nagae M., Nishi N., Nakamura-Tsuruta S., Hirabayashi J., Wakatsuki S., Kato R. J. Mol. Biol. 375:119-135(2008) [PubMed: 18005988] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (1.85 ANGSTROMS) OF 1-148 IN COMPLEXES WITH LACTOSE AND COMPLEX BETA-GALACTOSIDE, SUBUNIT, CARBOHYDRATE SPECIFICITY, FUNCTION. |
| [8] | "Crystal structure of N-terminal domain of human galectin-9 containing L-acetyllactosamine." RIKEN structural genomics initiative (RSGI) Submitted (APR-2008) to the PDB data bank Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (2.17 ANGSTROMS) OF 1-150 IN COMPLEX WITH L-ACETYLLACTOSAMINE. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Z49107 mRNA. Translation: CAA88922.1. AB006782 mRNA. Translation: BAA22166.1. AB005894 mRNA. Translation: BAA31542.1. AB040130 Genomic DNA. Translation: BAB83625.1. AB040130 Genomic DNA. Translation: BAB83624.1. AJ288083 AJ288090 Genomic DNA. Translation: CAB93851.1. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00010477. IPI00293267. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_033665.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.81337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | O00182. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | O00182. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENSG00000168961. Homo sapiens. [Contig view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 3965. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc002gzp.1. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC17P022980. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0013637. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:6570. LGALS9. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 601879. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA30347. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | O00182. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | O00182. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | O00182. HIAFHLN. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | O00182. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_LGALS9. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000168961. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR013320. ConA-like_subgrp. IPR001079. Galectin_CRD. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:2.60.120.200. ConA_like_subgrp. 2 hits. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PANTHER | PTHR11346. Galectin_bd. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00337. Gal-bind_lectin. 2 hits. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00276. GLECT. 2 hits. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS51304. GALECTIN. 2 hits. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BindingDB | O00182. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 15562. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | LEG9_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: O00182 Secondary accession number(s): O14532, O75028, Q9NQ58 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 17 Human chromosome 17: entries, gene names and cross-references to MIM |
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Clusters with


